Nằm phía tả ngạn sông Đuống, trước đây Trung Mầu là một xã thuộc tổng Dũng Vi, huyện Tiên Du, trấn Kinh Bắc. Trong kháng chiến chống Pháp, nằm trong xã Toàn Thắng của huyện Gia Lâm; sau Cải cách ruộng đất giữa năm 1956, làng Trung Mầu và làng Thịnh Liên tách khỏi xã Toàn Thắng để lập thành xã Trung Hưng thuộc huyện Tiên Du, tỉnh Bắc Ninh. Tháng 4 - 1961, xã Trung Hưng được cắt chuyển về huyện Gia Lâm, thành phố Hà Nội. Năm 1964 xã đổi tên thành xã Trung Mầu.

Những năm qua, Trung Mầu đã thực hiện quyết liệt việc chuyển đổi cơ cấu kinh tế, phát triển trồng trọt chăn nuôi và các ngành nghề phụ như: Trồng cây cảnh, chăn nuôi bò sữa và dâu tằm… Nhiều mô kinh kinh tế mới đã và đang được hình thành và từng bước được nhân rộng. Năm 2000, Trung Mầu được phong tặng danh hiệu "Đơn vị anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân" thời kỳ chống Pháp.